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長く大森署を支えてきた竜崎伸也が去り、新署長・藍本小百合が着任した。ある日、羽田沖海上で銃器と麻薬の密輸取引が行われるとの情報が入る。テロに繋がる重大事件として前線本部が置かれた大森署は恐慌寸前。だが、藍本は泰然自若、部下の貝沼や戸高らと共に事件に挑む。大人気「署長」シリーズ第一弾！